javaの日本語処理ではまっています。

場所1: 既存の文字エンコーディングから，(Javaの内部コードである)Unicodeに変換する段階．たとえば，ファイルの読み込み，javacやjasperによるコンパイル，native2asciiによるUnicodeエスケープへの変換などの段階です．
場所2: Unicodeから，任意の文字エンコーディングに変換する段階．たとえば，ServletやJSPによる出力などです．
場所3: WebブラウザがHTTPリクエストを受け取って処理する段階．

URI エスケープ、機種依存文字

■Shift_JISを表している　→　SJIS
■Windows-31Jを表している　→　MS932（Windows PCの場合）, CP943（IBM OS/2 Japanese）,CP943C
■EUC-JPを表している　→　eucJP（Solaris PCの場合）

よくRDMBSなんかで、localeをDB独自で実装する事がありますが、Rの場合に
ついて考えてみると、CP932(MS-SJIS)では半角カナは1byteです。普段Linux
を使っているので、考えが及びませんでしたが、isalpha(半角カナ)はTrueに
なります。(localeの実装依存ですが)したがって、~